芝加哥大学和威斯康星大学麦迪逊分校都是美国国内知名高校，区别在于芝加哥大学是一所私立高校；威斯康星大学麦迪逊分校是一所公立高校。从建校史角度来看，威斯康星大学麦迪逊分校要建立得更早一些。威斯康星大学麦迪逊分校创建于1848年；而芝加哥大学创办于1890年。

威斯康星大学麦迪逊分校是在美国公立大学之中声誉极高，实力极为强悍。这主要是因为他的办学理念符合美国高校发展轨迹，另外就是他有钱，经费常年高居美国公立院校前五。擅长农学方向，以生物、植物、动物，环境科学、地球学科等方面为主，而且这方面的实力也最强。在基础学科数学、化学、物理学方面实力也比较强，人文社科、医学方面稍微差一点。威斯康星大学麦迪逊分校建校以来诺奖就拿了25个，确实属于全美顶级高校。

芝加哥大学是由亿万富翁洛克菲勒创办的高校，在人文社科方面实力超级强悍，属于世界级高校。经济学方面有芝加哥学派，而且全球经济学方面的诺奖得主很大一部分都来自芝加哥大学。一般经济学强悍，后面法学、社会学也一定强悍，毕竟经济学是以法则为基础的学科美国芝加哥大学，芝加哥大学也符合这个规律。芝加哥大学另外一个“牛”点，就是世界上第一台核反应堆就诞生在芝加哥大学，这个核反应堆也叫芝加哥一号堆，相当有名。芝加哥大学拿了100个诺奖，确实属于世界级高校。

整体来看，芝加哥大学的实力要高于威斯康星大学麦迪逊分校。这主要是因为芝加哥大学影响力和知名度更大一些，而且实用成果更多，无论是人文社科方向美国芝加哥大学，还是自然科学方面都是如此。其在基础科学方面的实力远胜过威斯康星大学麦迪逊分校，数理化都是全美顶级实力，这些是威斯康星大学麦迪逊分校无法比的地方。