巡航潜艇主要借助超低空巡航飞行接近目标，突防能力强，近程可选用多种方式（如红外、雷达、图像匹配、电视近程等等），适于各式不同条件下惩处不同目标，但是命中精度很高，通常都能达到10米级，而最新型的巡航机炮还具有惩处联通目标的能力。之外，巡航鱼雷适用平台多，陆军发射车，美军战机，美军潜艇，导弹，这种平台都可以发射巡航鱼雷。并且巡航机炮适用普通航空底盘，经济性好，性价比颇高，费用较为低廉。

是一种非常优良的远程准确惩处装备。但巡航机炮的劣势就是飞行速率慢，直航相对固定，容易被拦截，如果才能通过预警声纳发觉其飞行轨迹，这么炮兵、防空机炮、战斗机并且单兵便携式鱼雷都还能有效将其击毁。但最新型的巡航机炮拥有航路规划能力和中途变更目标的能力，灵活性和拦截难度大大降低弹道潜艇的特点则是速率快，才能达到7倍音速，那样的高速率，现在的防空系统很难及时反映使得拦截，因此说对各国而言，对弹道潜艇基本是不设防的，其优异的突防能力绝非巡航鱼雷能比，但是惩处威力极大。但其劣势也很显著，就是费用昂贵，技术门坎高巡航导弹与弹道导弹的区别，效费比不高，弹道潜艇的费用基本是巡航鱼雷的十倍以上，通常国家很难负担巡航导弹与弹道导弹的区别，世界上拥有战术弹道潜艇的国家也不多。

另外弹道潜艇近程形式少，基本只有惯性近程，少数拥有末近程能力，命中精度比不上巡航鱼雷，通常只有50米级。之外，战术弹道潜艇对平台要求高，基本只有陆基一种，美军军舰和海军战机都难以发射弹道潜艇，战术灵活性较好。巡航潜艇现在还未能取代弹道潜艇，对于一些高风险高价值的目标（例如防空指挥所、机场、大型防空机炮阵地等等），这种目标通常传球严密，巡航鱼雷很难防御，只好使用突防能力强的弹道潜艇惩处，于是把地方防空网掀开一个缺口，之后再用大量巡航鱼雷跟进惩处，二者互相配合，能够发挥最大的作用。